Do vậy quy hoạch giao thông đường thuỷ nội địa lần này cần phải giải quyết sao cho phát huy được ưu thế của mạng lưới sông ngòi của tỉnh, đồng thời phù hợp với định hướng, mục tiêu phát triển chung của ngành ĐTNĐ Việt Nam, đảm bảo và phù hợp với sự phát triển của các ngành: đường bộ, đường sắt, đường biển và đường hàng không của tỉnh. Muốn đạt được yêu cầu đề ra cần phải phát huy nội lực, đầu tư có trọng tâm, trọng điểm bằng mọi nguồn vốn nhằm phát triển bền vững, tăng cường năng lực của hệ thống quản lý, mở rộng hoạt động cung cấp các dịch vụ, đảm bảo an toàn giao thông.

Hiện nay tỷ lệ sông của tỉnh đang khai thác chỉ đạt 30% trên tổng số km sông tự nhiên hiện có, do vậy việc đầu tư nâng cấp một số tuyến sông để nâng dần tỷ lệ sông ngòi đưa vào khai thác phải đạt từ 50 - 60% trên tổng số sông kênh của tỉnh là hết sức cần thiết.

Quy hoạch phát triển cho giai đoạn 2020 hệ thống mạng lưới đường sông của tỉnh Quảng Nam được chia làm hai nhóm tuyến:

1. Tuyến trục giao thông chính:

Chiều dài 112 km được nối từ cửa Kỳ Hà qua sông Trường Giang đi Cửa Đại nối tiếp đoạn sông hạ lưu Thu Bồn, sông Vĩnh Điện đi Cửa Hàn. Đây là tuyến giao thông thuỷ huyết mạch nối liền những khu dân cư kinh tế lớn của tỉnh Quảng Nam, cũng là tuyến vận tải trọng điểm và ngắn nhất nối các đầu mối quan trọng như bến Hội An và cảng Kỳ Hà.

2. Các tuyến nhánh:

Các tuyến nhánh nằm theo trục Đông - Tây nối thông với tuyến chính gồm có 5 tuyến nhánh chính sau:

2.1. Tuyến số 1: Dài 27,5 km chạy dọc theo sông Cổ Cò, từ ngã ba sông Hàn đến Cửa Đại, tuyến này nối cảng Đà Nẵng với phố cổ Hội An. Nếu được đầu tư đúng mức tuyến sông này sẽ trở thành một tuyến giao thông thuỷ ổn định ít bị ảnh hưởng của lũ lụt.

2.2. Tuyến số 2: dài 43,5 km chạy dọc theo sông Thu Bồn từ ngã ba Vĩnh Điện đến mỏ than Nông Sơn (đây là tuyến nhánh trung tâm của tỉnh). Tuyến này còn kéo dài trên 30 km qua Hòn Kẽm Đá Dừng, Trà Linh đến Thượng Đức.

2.3. Tuyến số 3: dài 20 km chạy dọc theo sông Tam Kỳ từ ngã ba sông Trường Giang đến thị xã Tam Kỳ phục vụ cho Tam Kỳ và các vùng phụ cận.

2.4. Tuyến số 4: dài 8 km từ cảng Kỳ Hà đến cầu An Tân phục vụ chủ yếu cho khu công nghiệp Chu Lai - Kỳ Hà, dầu khí Dung Quất và các vùng quanh thị xã Tam Kỳ, huyện Núi Thành.

2.5. Tuyến số 5: dài 22 km từ bến thuỷ nội địa Hội An đến đảo Cù Lao Chàm xã Tân Hiệp thị xã Hội An. Tuyến này đã có văn bản của Cục Hàng hải Việt Nam gửi Bộ Giao thông Vận tải đề xuất để Cục Đường sông Việt Nam quản lý.

Ngoài ra để tăng cường phát triển dịch vụ Du lịch và tạo cảnh quan môi trường sạch đẹp, UBND tỉnh Quảng Nam đã có chủ trương việc nạo vét và khơi thông sông Đò, xã Cẩm Thanh, thị xã Hội An. Đây sẽ là nơi trú bão an toàn của các loại tàu thuyền quanh khu vực Hội An.

Trong giai đoạn quy hoạch, cần thiết phải thường xuyên nạo vét luồng lạch các tuyến sông nhằm nâng cấp kỹ thuật của các tuyến sông. Cụ thể:

- Tuyến sông chính: sông Trường Giang nâng cấp đạt tiêu chuẩn cấp 4.

- Sông Thu Bồn: đoạn thấp nhất đạt tiêu chuẩn cấp 5, còn lại là cấp 4.

- Các tuyến sông nhánh: Nâng cấp lên đạt tiêu chuẩn cấp 5 riêng sông Hội An đạt tiêu chuẩn cấp 3.

- Các tuyến sông đang hoạt động dạng tự nhiên (chưa vào cấp) nâng lên đạt tiêu chuẩn cấp 6.

Đến năm chiều dài các tuyến sông của tỉnh Quảng Nam đưa vào khai thác là 443,5 km chiếm 48,7% tổng số chiều dài các tuyến sông, kênh của tỉnh. Quy hoạch nâng cấp các tuyến sông trong giai đoạn quy hoạch được thể hiện ở biểu 37.

Vốn đầu tư cần thiết cho nạo vét nâng cấp các tuyến sông của tỉnh trong giai đoạn 2004 - 2015 là 420 tỷ đồng.

- Kè bờ: 74 km

- Kè chỉnh trị: 125.000 m3.

- Đường giao thông và công trình cảnh quan 2 bên bờ sông 40 km.

Trong đó: Giai đoạn 2004 - 2005: 100 tỷ đồng

Giai đoạn 2006 - 2010: 239 tỷ đồng

Giai đoạn 2011 - 2015: 81 tỷ đồng

Quy hoạch nâng cấp các tuyến sông tỉnh Quảng Nam giai đoạn 2005 - 2020: