1. Các tổ chức tham mưu, tổng hợp và chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở:
a. Văn phòng Sở.
b. Phòng Kế hoạch - Tài chính.
c. Phòng Quản lý Hạ tầng giao thông.
d. Phòng Quản lý Vận tải, phương tiện và người lái.
e. Thanh tra Giao thông vận tải (Thanh tra Sở)
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng và các chức danh tương đương do Giám đốc Sở quyết định. Riêng Chánh Thanh tra Sở trước khi bổ nhiệm phải có sự thỏa thuận của Chánh Thanh tra tỉnh. 
Tùy theo yêu cầu nhiệm vụ chuyên môn trong từng giai đoạn, Giám đốc Sở Giao thông vận tải xây dựng phương án thành lập, sáp nhập, đổi tên ... các phòng chuyên môn theo Thông tư liên tịch số 42/2015/TTLT-BGTVT-BNV ngày 14/8/2015 của Bộ GTVT và Bộ Nội vụ trình UBND tỉnh quyết định.
2. Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở:
- Ban Quản lý bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông.
- Đoạn Quản lý Đường thuỷ nội địa.
- Trung tâm Đăng kiểm thủy bộ.
- Ban quản lý Bến xe.
Trung tâm Đăng kiểm thủy bộ và Ban Quản lý bến xe: Thực hiện cổ phần hóa theo Quyết định số 22/2015/QĐ-TTg ngày 22/6/2015 của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển đơn vị sự nghiệp công lập thành công ty cổ phần, Công văn số 850/TTg-ĐMDN ngày 24/5/2016 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt danh mục đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND tỉnh Quảng Nam chuyển thành công ty cổ phần (2016-2018).
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật và các chế độ, chính sách đối với người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp thuộc Sở được thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Uỷ ban nhân dân tỉnh.
Ngoài ra, tùy theo đặc điểm, tình hình phát triển kinh tế - xã hội và yêu cầu quản lý nhà nước về giao thông vận tải trong từng giai đoạn, Sở Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với Sở Nội vụ trình Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định thành lập các đơn vị sự nghiệp công lập khác (nếu có) thuộc Sở Giao thông vận tải theo quy định của pháp luật.